1920 yılının Şubat ayında Horasan eyaletine bağlı Feriman kasabasında dindar bir ailede dünyaya geldi. Çocukluk yıllarını mektepte okuyarak geçiren Mutahhari, 12 yaşında iken, Meşhed dinî ilimler medresesinde İslâmî bilimler alanında öğrenim görmeye başladı. 1938 yılında, dönemin İran şahı, Rıza Şah'ın mollalara karşı verdiği sert mücadeleye rağmen dinî derslere devam etmek amacıyla Kum kentine yerleşti.
Burada, dönemin ünlü alimlerinden Ayetullahi'l-Uzma Şeyh Abdulkerim Hairî'nin vefatından sonra yerine geçen üç büyük alim yani, Seyyid Muhammed Huccet, Seyyid Sadruddin Sadr ve Seyyid Muhammed Takî Hansarî'nin yanında okumaya başladı.
15 yıl süren Kum'daki hayatı süresince, fıkıh ve usul derslerini rahmetli İmam Humeynî ve Ayetullah Burucerdî'nin yanında, Molla Sadra felsefesi, ahlak ve usul, ilahiyat, İbni Sina'nın Şifa'sı ve daha bir çok dersleri Ayetullah Seyyid Muhammed Hüseyin Tabâtabâî'nin yanında okudu. Ayrıca bu süre zarfında irfan derslerini Ayetullah Mirza Ali Ağa Şîrazî'den aldı. Kum'da bulunduğu sürece öğrenimin yanı sıra, sosyal ve siyasal sahalarda da faal bir şekilde bulunuyordu. Bunlardan bir tanesi, İslâmın Fedaileri teşkilatıyla irtibatta olmasıydı.
1952 yılında Tahran'a yerleşen Ayetullah Mutahharî, Mervî medresesinde araştırmaya başladı. 1955 yılında, "Öğrenciler İslâmî Cemiyetinde" ilk tefsir toplantısını düzenledi. Aynı yıl Tahran Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde öğretim üyesi olarak görev aldı. 1959 yılında Müslüman Tabipler Cemiyetine konuşmacı olarak davet edildi ve sürekli olarak bu işi devam ettirdi. Burada yaptığı ilmi konuşmalar daha sonra ondan geriye kalan önemli konular haline geldi.
1962 yılından itibaren İmam Humeynî'nin en faal yaranlarından oldu. Öyleki 15 Hordad ayaklanmasının asıl organizatörlerinden birisiydi. Haziran 1963'de rejim aleyhine yaptığı bir konuşma sonucu tutuklanarak hapse atıldı ancak kısa süre sonra serbest bırakıldı.
İmam Humeynî'nin sürgüne gönderilmesiyle birlikte Şehit Mutahharî ve fikir arkadaşlarının görevi daha da ağırlaştı. O, bu dönemde toplumun ihtiyacı olan konularla ilgili kitaplar yazmaya ve çeşitli toplantılarda uyarıcı konuşmalar yapmaya başladı. İslâmî harekete kendini adayan Mutahharî, hareketin İslâmîleştirilmesi yönünde çok büyük ideolojik mücadele verdi. 1967 yılında "Hüseyniye-yi İrşâd"ı kurdu. Bir süre sonra Filistin'lilere yardım kampanyası başlatarak İsrail aleyhine sert bir konuşma yaptıktan sonra tutuklanarak hapse konuldu ve tek kişilik hücrede tutuldu. Herşeye rağmen mücadelesine devam eden Mutahharî 1974 yılında konuşma yapması yasaklandı ve bu yasak İslâm İnkılabı'nın zaferine kadar sürdü.
1976 yılında İmam Humeynî ile görüşmek niyetiyle Irak'a gitti ve devrimin önemli meseleleriyle ilgili istişarede bulundu. İran'a döndükten sonra İran halkını rejime karşı ayaklanmaya ve yürüyüşe davet etmeğe devam eden Mutahharî, İmam'ın sürgünden İran'a dönüşünde karşılama törenlerini organize etti. Devrimden sonra büyük sorumluluklar üslendi, ancak çok geçmeden devrimden bir yıl sonra,1980 yılı 2 Mayıs günü saat 22:20 sularında "Furkan" grubu tarafından suikasta uğradı ve başına isabet eden bir kurşunla şehit oldu.
İmam Hamenei: Şehid Mutahhari'nin Yolu Sürdürülmeli
İran İslam İnkılabı rehberi İmam Hamenei, İran’ın dünyaca tanınmış felsefe filozofu ve düşünürlerinden İslam alimi Şehid Ayetullah Murtaza Mutahhari’nin şehadetinin yıldönümü münasebetiyle yaptığı konuşmada, düşünür ve aydınları, Şehid Mutahhari’nin felsefi yolunu sürdürmeye davet etti.
Şehid Mutahhari’nin şehadetinin yıldönümünü tertipleme komitesini kabul eden İslam İnkılabı rehberi, Şehid Muhahhari’nin düşünce ve felsefesinin topluma yansıtılmasının halihazırdaki ortamda zaruri olduğunu belirterek, ‘bu büyük düşünürün eserlerinden ve felsefesinden, aydınların, bilim adamlarının, düşünürlerin yararlanması gerekir ve böylece de Mutahhari’nin düşünce hayatı canlı kalır’ dedi.
Mutahhari’yi, fıkıh ve irfanı tanıyan bir filozof olarak niteleyen İmam Hamenei, ‘Mutahhari, tanınmış İslam filozofları arasında, görüşleri siyasi meseleler ve hatta sosyal hayatın bütün alanlarına giren ender bir İslam alimi ve düşünürüdür ve bunun için Mutahhari topluma doğru ve çok iyi bir şekilde tanıtılmalıdır’ dedi.
İmam konuşmasında ayrıca başta öğrenci ve üniversiteliler olmak üzere toplumun bütün kesiminin şehid Mutahhari’nin eserlerinden yararlanmalarının gerekli olduğuna vurgu yaptı.
Devrim süresince önemli, uyarıcı ve uyandırıcı rol oynayan üstadın kitapları İran'da defalarca basıldı ve herkes tarafından okundu. Bu önemli eserlerden bazıları şöyle:
Kur-an'la Tanışma
İslâmî Düşüncenin Canlandırılması
İslâm'da ve Batı Dünyasında Cinsel Ahlâk
İslâm ve Zamanın Gerekleri
Felsefe Usulü ve Realizmin Yöntemi
İmamet ve Liderlik
İnsan Hayatında Gaybî Yardımlar
İnsan-ı Kâmil
İnsan ve Kader
Yirmi Konu
Üstad'ın "Tesettür Meselesi" Kitabına Yapılan Tenkitlere Cevabı
Onbeş Konu
İslâm İnkılabı Hakkında
İslâm Cumhuriyeti Hakkında
İslâm'da Talim ve Terbiye
Tevhid
Hz.Ali'nin(a.s.) Çekiciliği ve İticiliği
Cihad
Hacc
Hak ve Batıl
Hikmetler ve Öğütler
Hüseyin(a.s.) Destanı 1-2
Hatemiyet
İslâm ve İran'ın Karşılıklı Hizmetleri
Doğruların öyküsü 1-2
On Konu
İmamların Yaşamlarına Bir Bakış
Sîre-yi Nebevîye bir bakış
Nechu'l-Belâğa'ya Bir Bakış
Manzûmenin Şerhi
Altı Makale
İlahî Adalet
Hâfız'ın İrfanı
Materyalizme Eğilim Nedenleri
Fıtrat
Ahlâk Felsefesi
Tarih Felsefesi 1-2
Mehdi'nin (a.s.) Kıyam ve İnkılabı
İslamî Bilimler Külliyatı 1-2-3
Tesettür Meselesi
Faiz Meselesi
Tanıma Meselesi
Felsefi Akımlar
İslâmî Dünya Görüşüne Bir Önsöz (İnsan ve İman)
İslâmî Dünya Görüşüne Bir Önsöz (Vahiy ve Nubüvvet)
İslâmî Dünya Görüşüne Bir Önsöz (Kur-an'da İnsan)
İslâmî Dünya Görüşüne Bir Önsöz (Toplum ve Tarih)
İslâmî Dünya Görüşüne Bir Önsöz (Ebedi Yaşam veya Uhrevi Hayat)
Nubüvvet
İslâm'da Kadın Hakları Düzeni
İslâmî İktisat Düzenine Bir Bakış
Marksizmin Tenkidi
Son Yüzyıldaki İslâmî Hareketlerin İncelenmesi
Üstad Mutaharrî'nin Anıları